ヤング神戸三田イーグルスは代表・副代表・GM及び運営部・会計部・指導部の組織構成で、小学部と中学部を一体運営しています。チーム会計状況及び運営・指導方針等は月１回の運営部・指導部・会計部ミーティングで意思決定されています。組織構成は下記の通りです。
代表：宮上 淨（監査兼任）
副代表：北脇 哲雄 安永 大輔
ゼネラルマネージャー：安永 大輔
運営部：部長 東口 信一
副部長 東口 知里
＜小学部＞
マネージャ 茶谷 圭太
スコアラー 茶谷 友佳子
会計部：部長 岸本 博文
中学部 飯田真季
小学部 吉川 裕香
指導部：部長 加藤 友樹（甲子園サイエンスラボ代表）
＜小学部担当＞
田中 雅也
山下 範洋
